请问小分子化合物的分子动力学模拟，选择GROMACS还是AMBER?

选择GROMACS。GROMACS是一款高效的分子动力学模拟软件，特别适用于小分子的模拟。它具有高度优化的算法和并行计算能力，能够快速、准确地模拟小分子的结构和动力学行为。与之相比，AMBER更适用于大分子的模拟，其计算速度相对较慢。因此，对于小分子化合物的分子动力学模拟，建议选择GROMACS。